COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.705371
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.576618
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.818591
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.569807 29.833355
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 29.759755
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 29.467782
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 29.072541

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 29.082819
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.758217
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 28.614273
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 28.469120
2021-01-01 17:00:00 40.877368 40.877368 28.241502
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 27.254695
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 26.799755

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 20.065342
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 20.272994
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 20.410013
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 20.735201
2021-01-01 17:00:00 31.643002 12.576065 20.801336
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 20.934627
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 20.537993

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 10.726413
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 10.834411
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 11.068476
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 11.285759
2021-01-01 17:00:00 19.360269 12.149270 11.405349
2020-12-31 17:00:00 13.333333 12.401796 11.555338
2020-12-30 17:00:00 14.573191 7.432652 11.444902

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 16.422109
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 16.551515
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 16.760901
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 17.052132
2021-01-01 17:00:00 10.591900 16.096604 16.040248
2020-12-31 17:00:00 10.889216 16.408300 14.910580
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 14.889271

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 44.089581
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 43.017602
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 41.596970
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 41.155626
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 40.765360
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 40.017890
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 38.744704

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 40.229401
2021-01-04 17:00:00 38.865837 38.865837 40.055368
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 40.041195
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 39.927626
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 39.760155
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 39.020463
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 38.479431

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 27.685080
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 27.299399
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 27.121543
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 26.973500
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 26.648005
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 26.281641
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 25.596414

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 35.765751
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 35.615043
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 35.516890
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 33.780119
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 33.517097
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 32.880974
2020-12-30 17:00:00 21.249360 42.067917 31.906971

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 31.937800
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 31.794099
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 31.568321
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.201858
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.685827
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 29.910810
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 28.920094

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 18.515700
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 18.751479
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 19.064494
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 18.408490
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 18.385996
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 17.851651
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 17.277071

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 7.916918
2021-01-04 17:00:00 16.141732 4.133858 8.143696
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 8.265594
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 8.374505
2021-01-01 17:00:00 11.751663 7.030129 8.861592
2020-12-31 17:00:00 11.488251 24.788732 9.679655
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 9.487340

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 46.978500
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 45.931326
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 45.088299
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 42.226830
2021-01-01 17:00:00 40.909091 98.003630 41.306536
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 39.376525
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 37.371352

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 49.118882
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 48.086936
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 48.354086
2021-01-02 17:00:00 93.548387 31.780822 47.513824
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 47.779470
2020-12-31 17:00:00 81.841432 81.841432 48.438754
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 47.132063

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 39.225301
2021-01-04 17:00:00 36.647494 36.647494 38.584335
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 38.047577
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 37.685526
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 37.475644
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 36.698002
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 35.957907

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 32.305094
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 31.940095
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 31.560125
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 31.931086
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 32.671822
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 32.963849
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 32.236137

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 10.171794
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 10.188731
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 10.108669
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 9.937506
2021-01-01 17:00:00 12.731078 6.679456 10.012660
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 9.900010
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 9.665393

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 25.055644 17.535771 23.796442
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 23.514314
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 23.304216
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 23.487197
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 23.139573
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 22.739672
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 22.159017

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 16.273674
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 16.172941
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 16.071732
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 16.182402
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 16.133801
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 16.050024
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 15.675592

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 21.406432
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.544148 21.987981
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 22.146189
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 21.457278
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 21.729904
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 21.362445
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 20.909368

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 4.827586 4.827586 11.691918
2021-01-04 17:00:00 6.053812 19.565217 12.454523
2021-01-03 17:00:00 7.592191 26.615970 13.128752
2021-01-02 17:00:00 2.167183 5.600000 14.131823
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 14.906592
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 16.072536
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 16.452806

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 76.246846
2021-01-04 17:00:00 80.826526 76.313877 76.511188
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 76.767851
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 74.739846
2021-01-01 17:00:00 77.738230 76.790274 76.518167
2020-12-31 17:00:00 75.011721 76.652943 75.770910
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 75.092256

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 25.448029 25.448029 29.082819
Basilicata 14.322251 14.322251 20.065342
Calabria 7.528711 7.528711 10.726413
Campania 16.408300 16.408300 16.422109
Emilia-Romagna 42.869342 42.869342 44.089581
Friuli Venezia Giulia 40.952381 40.952381 40.229401
Lazio 25.320371 25.320371 27.685080
Liguria 29.618768 29.618768 35.765751
Lombardia 29.017567 29.017567 31.937800
Marche 14.100985 14.100985 18.515700
Molise 4.093567 4.093567 7.916918
P.A. Bolzano 64.069264 64.069264 46.978500
P.A. Trento 52.655889 52.655889 49.118882
Piemonte 39.777618 39.777618 39.225301
Puglia 23.810573 23.810573 32.305094
Sardegna 9.535553 9.535553 10.171794
Sicilia 25.055644 17.535771 23.796442
Toscana 13.041796 13.041796 16.273674
Umbria 20.892857 20.892857 21.406432
Valle d'Aosta 4.827586 4.827586 11.691918
Veneto 72.620419 72.620419 76.246846
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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